A Magyar Vallástudományi Társaság általános célja a vallás mint jelenségegység és jelenségcsoport tudományosan széles körű és elmélyült felkészültségen alapuló vizsgálata. Kiemelten törekszik a vallástudomány hazai történetének feltárására és akadémiai diszciplínaként való bemutatására, feldolgozására. Segíti a vallási jelenség tudományos tanulmányozását idehaza és külföldön, hazai és külföldi kutatók munkájában és közösségeiben. Támogatja az interdiszciplináris kutatásokat a vallásfenomenológia és vallásszociológia, a vallástörténet és valláselmélet, a vallásantropológia és valláspszichológia, a vallási művészetelmélet és művészettörténet, végül a vallásfilozófia és vallásteológia körében. Mindezen keresztül a Társaság a vallástudomány mint akadémiai diszciplína kibontakozását szolgálja. 

A Társaság működése magában foglalja előadások, konferenciák, szimpóziumok szervezését, a papíralapú, illetve digitális szövegkiadást, eseményrögzítést, valamint mindazon tevékenységet, amelyet a Társaság a maga számára meghatároz. A Társaság saját kutatóinak eredményeit idehaza és külhonban egyaránt ismerteti. Pályázatokban vesz részt és bekapcsolódik a rokon tevékenységekkel foglalkozó nemzetközi szervezetek életébe. Segíti a vallástudomány oktatásban elfoglalt helyének megerősödését. A vallásnak mint az emberiség kiemelten jelentős jellemzőjének kutatásával a Társaság az egyes vallási formák, egyházak és csoportok önértelmezését is segíti a maga lehetőségeinek határain belül. Ugyanígy előmozdítja a vallás jelentőségének széles körű tudatosulását az egész társadalomban éppúgy, mint annak tudományos szervezeteiben. 

A Magyar Vallástudományi Társaság emblémája két imára kulcsolt kéz stilizált képét mutatja. Az "összekulcsolt kéz" az egyik legősibb imagesztus, amely dokumentáltan fennmaradt. Jelentése egyszerre könyörgés és közösség; kérés és összetartozás úgy evilági, mint túlvilági értelemben. A gesztus történetileg egyes sumér uralkodók kéztartásától a zsidóság körében leírt imapozíción keresztül a kereszténységben honos kéztartásig terjed. Mára egyetemes jelképpé vált. Az emblémát Halmy Miklós festőművész munkája nyomán Kaszta Mónika rajzolta.